生物信息学研究论文提纲

论文题目：环状RNA CSNK1G3在肺腺癌中的生物信息学分析及功能研究

摘要：目的环状RNA（circRNA）是一类新的非编码RNA,可在转录或转录后水平调节基因表达。根据最近的研究,circRNA参与了多种疾病的发生发展,包括各种癌症,但是circRNA在肺腺癌中的作用尚不清楚。近年来,生物信息学发展迅猛,随着二代测序技术的普及,大量的生物信息数据公开,研究者可以结合自己及公共数据库信息进行数据分析,为实验提供研究方向及相应证据。本研究通过生物信息学结合实验的方式,筛选并验证参与肺腺癌发病机制的circRNA,进一步寻找有效的肺癌诊断标志物及治疗靶标。方法首先,利用circRNA芯片筛选肺腺癌中差异表达的circRNA,分析这些差异表达的circRNA并选择合适的研究对象。利用生物信息学方法对circRNA进行结构和功能预测,构建竞争性内源性RNA（ceRNA）网络预测circRNA下游miRNA及mRNA。利用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）预测功能及信号通路。随后,为了验证芯片及生物信息学分析结果,利用实时荧光定量PCR评估circRNA的表达水平。构建siRNA,并转染至肺腺癌细胞中,分别进行MTT,划痕,Transwell等细胞实验,分别观察对增殖,侵袭和迁移的影响。最后,通过动物实验进一步观察其对肺腺癌发生发展的作用。结果54个circRNA在肺腺癌中差异表达。其中,相比于正常组织,有41个circRNA低表达,13个circRNA高表达。综合分析环状RNA的序列,长度及差异表达倍数变化,我们选定在肿瘤中高表达的hsa＿circ＿0001522（称为CircCSNK1G3）作为研究分子。基于miRNA“海绵作用”,利用生物信息学数据库之间取交集,共找到204个mRNA结合mi RNA,和6个circRNA结合miRNA。GO结果显示:mRNA大多富集在“染色质的共价修饰”及“组蛋白修饰”上,提示它们可能在表观遗传领域发挥作用。KEGG结果显示mRNA多富集在PI3K-AKT通路及cAMP通路上。而作为两条经典信号通路,也进一步为研究指明方向。实时荧光定量PCR结果显示circCSNK1G3在肺腺癌组织和细胞中表达水平明显升高。CircCSNK1G3敲低后,MTT,划痕及Transewell结果显示其抑制肺腺癌细胞的增殖和迁移。动物实验结果发现,Circ CSNK1G3可以促进肺腺癌细胞在裸鼠体内增殖。结论circRNA芯片及实时荧光定量PCR结果显示,circCSN1G3在肺腺癌组织和细胞中表达明显上升。细胞实验和动物实验结果进一步说明circCSNK1G3在肺腺癌的发生发展中发挥积极作用。结合生物信息学分析提示,circCSNK1G3具有促进肺腺癌发展的潜质,可能作为肺腺癌潜在的治疗靶点。

关键词：非小细胞肺癌;肺腺癌;环状RNA;circCSNK1G3;生物信息学

学科专业：外科学（胸外）

摘要

abstract

引言

材料和方法

1 实验材料

2 实验方法

结果

1 差异circRNA筛选及生物信息学分析

2 CircCSNK1G3 在肺腺癌组织和细胞中高表达

3 CircCSNK1G3 敲低后,抑制肺腺癌细胞的增殖和迁移

4 CircCSNK1G3 促进肺腺癌细胞在裸鼠体内增殖

讨论

结论

参考文献

综述

综述参考文献

缩略词表

致谢