进口增值税抵扣流程（精选5篇）
问：增值税海关进口发票抵扣流程？
答：进口增值税可以抵扣。根据《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》（国家税务总局 海关总署公告2013年第31号）规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
进口增值税专用缴款书通过网上办税平台-海关进口增值税专用缴款书模块采集海关增值税专用缴款书后上传数据，可通过“接收结果查询功能”查询上传的数据是否已传输到总局的稽核系统。稽核系统每天晚上将企业采集信息与海关传输的进口缴款书信息进行比对，比对结果可通过“海关缴款书比对结果查询功能”查询。上传票全部比对相符的，稽核系统每月初自动生成稽核结果通知书，通过“稽核结果通知书确认”功能进行稽核结果通知书确认下载。“稽核结果通知书”信息可通过“稽核结果通知书查询”和“稽核结果通知书清单查询”.比对不通过的，如果确认本征期内只抵扣当前比对相符的，可以通过“稽核结果通知书确认”功能，将比对通过的缴款书生成“稽核结果通知书”进行下载。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发〔2004〕148号）规定：
一、纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，不论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证，在《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函〔2004〕128号）中规定的期限内申报抵扣进项税额。
二、对纳税人进口货物已取得的海关完税凭证，未能在规定申报期限内向主管税务机关申报抵扣的，可在2005年1月11日前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得予以抵扣。
三、对纳税人丢失的海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可予以抵扣进项税额。
自2013年7月1日起, 增值税一般纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书, 需经税务机关稽核比对相符后, 其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书, 应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》规定, 自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》 (电子数据) , 申请稽核比对, 逾期未申请的其进项税额不予抵扣。税务机关通过稽核系统将纳税人申请稽核的海关缴款书数据, 按日与进口增值税入库数据进行稽核比对, 每个月为一个稽核期。海关缴款书开具当月申请稽核的, 稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。海关缴款书开具次月申请稽核的, 稽核期为申请稽核的当月及次月。海关缴款书开具次月以后申请稽核的, 稽核期为申请稽核的当月。
税务总局要求, 纳税人应在“应交税费”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目, 用于核算已申请稽核但尚未取得与稽核结果相符的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后, 应借记“应交税费———待抵扣进项税额”明细科目, 贷记相关科目;稽核比对相符以及核查后允许抵扣的, 应借记“应交税费———应交增值税 (进项税额) ”, 贷记“应交税费———待抵扣进项税额”。经核查不得抵扣的进项税额, 红字借记“应交税费———待抵扣进项税额”, 红字贷记相关科目。
XX县国税局：
XX公司于XX年X月份认证的增值税专用发票X张票号：X、金额X元、税额X元，XX年X月份认证的增值税专用发票X张票号：X、金额X元、税额X元；因XX公司XX年X月至XX年X月为一般纳税人辅导期，在此期间取得增值税专用发票需稽核比对无误后，方可予以抵扣。但因贵局税务信息系统原因导致XX公司在XX年X至X月未收以上X张增值税票的稽核比对结果通知书，故未能按时申报抵扣。
特此说明！
XX公司
国家税务总局关于印发
《增值税抵扣凭证协查管理办法》的通知
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
为规范涉及增值税抵扣凭证(包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票)税收违法案件的协查工作，提高案件协查质量，国家税务总局对以往有关税收违法案件协查工作的规范性文件进行了修订和整合，制订了《增值税抵扣凭证协查管理办法》。现印发给你们，请遵照执行，在执行中如发现问题，请及时上报国家税务总局（稽查局）。
附件：1.增值税抵扣凭证协查函
2.关于××案件的协查要求（已证实虚开）3.关于××案件的协查要求（向受票方发起的有疑问协查）
4.关于××案件的协查要求（向开票方发起的协查）5.已证实虚开通知单 6.协查处理单
7.案件协查基本情况表
8.增值税抵扣凭证调查结果清单 9.增值税抵扣凭证案件协查报告 10.增值税抵扣凭证案件协查案卷 11.协查延期申请
12.增值税抵扣凭证协查回复函 13.协查系统运行重大情况报告单
二○○八年五月十四日
— 2 — 增值税抵扣凭证协查管理办法
第一章 总 则
第一条 为了规范涉及增值税抵扣凭证(包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票，下同)税收违法案件的协查工作，提高案件协查质量，依据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关法律法规，制订本办法。
第二条
涉及增值税抵扣凭证税收违法案件的协查（以下简称协查）是指各级税务机关稽查局（以下简称稽查局）在案件检查过程中，案发地稽查局（以下简称委托方）将检查发现有疑问或者已确定虚开的增值税抵扣凭证及相关信息发送给涉案地稽查局（以下简称受托方），受托方对增值税抵扣凭证所记载的经济事项和反映的经济活动进行检查处理、取得相关证据并反馈协查结果的工作。
第三条 协查工作遵循真实、合法、相关和安全的原则。
第四条 协查工作由稽查局负责完成。
第五条
协查工作应通过协查信息管理系统（以下简称协查系统）开展，配合寄送纸质证据材料。除另有规定外，委托方不得发纸质协查函，受托方收到纸质协查函应予退回。
第二章 委托协查管理
第六条 委托方在案件检查过程中，应依据案情需要通过协查系统发起协查。
第七条 委托协查函的内容包括：发票的信息和《关于××案件的协查要求》（以下简称《协查要求》）。
《协查要求》的内容包括：基本案情、已掌握的疑点或线索、其他需要说明的事项、负责案件检查和协查工作的联系人和联系方式。需要受托方配合检查的内容、取证要求、回复期限、组卷及寄送要求等。
第八条 发起委托协查应遵循以下要求和程序：
（一）委托协查函录入的增值税抵扣凭证信息应与纸质票面信息一致。采用电子信息导入方式的应符合协查系统导入数据的格式要求，对缺项的信息予以补录，使电子信息与纸质票面信息一致。如无纸质发票，应录入委托方被查对象信息和增值税抵扣凭证的电子信息。
（二）依据协查的发票数量，委托方可选择按照“受托方被查对象一户一函”或“委托方被查对象一户一函”方式组织发函，协查函的名称统一为“××案件协查－××纳税人”。
（三）国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，应录入案件编号。
（四）委托方负责人应对待发委托协查函进行审批。
（五）已确定虚开增值税抵扣凭证的案件，委托方应在通 — 4 — 过网络发送委托协查信息后1个工作日内，将纸质《已证实虚开通知单》及相关证据资料按照案件保密的有关要求寄送受托方。
（六）委托方与受托方应共同做好信息交换工作，交流案情线索，及时向上级督办稽查局汇报进展情况。
（七）委托方收到受托方回函后，应做好统计分析工作，包括协查系统内的数据统计分析和受托方寄来的《增值税抵扣凭证案件协查案卷》（以下简称《协查案卷》）的整理和分析。
（八）委托方依据协查回函进一步组织查处，查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，应依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内录入所协查的发票对应的查处结果和入库结果。
（九）委托方应依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
第九条
委托方收到协查回函结果后，需再次发出委托协查，应详细说明新发现的违法事实或疑点。
第十条 除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市（以下简称省）稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。
票面合计金额未达到上级组织协查标准的，经上级稽查局审批同意，委托方可提请上级组织协查。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，或有特殊要求的其他重大案件的协查，应由国家税务总局稽查局组织。
省税务机关组织查办的案件需要发出委托协查，应由省稽查局组织。
第十一条 国家税务总局稽查局组织查办或督办的属于涉密案件的协查，经国家税务总局稽查局批准后，委托方可在协查系统内采取加密法生成委托协查函。
第三章 受托协查管理
第十二条 受托方应依据委托方《协查要求》组织人员进行检查，并将协查函作为稽查线索，发现被查对象涉嫌偷骗税等税收违法行为达到《税务稽查工作规程》立案标准，按照有关规定立案查处。
第十三条 受托方应遵循以下要求和程序开展工作：
（一）及时登记协查系统的协查函。
（二）稽查局负责人对接收后待检查和检查后待回复的信息进行审批。
（三）依据委托方《协查要求》开展检查工作。
（四）依据检查情况，按照《增值税抵扣凭证协查结果代码定义》逐项选择协查结果代码，填写《增值税抵扣凭证调查结果清单》（以下简称《结果清单》），撰写《增值税抵扣凭证案件协查报告》（以下简称《协查报告》）。
（五）查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内依据纳税人和协查函号录入所检查发票对应的查处结果和入库结果。
（六）依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
（七）依据《协查案卷》的要求组卷。
（八）在协查系统内回复协查结果信息，并依据委托方《协查要求》在1个工作日内按照案件保密的有关要求寄送纸质证明资料。
第十四条
受托方在检查工作中，需要取得涉案对象的税务登记、注销、纳税申报、出口退税等征管资料和证明材料的，应向其主管税务机关提出要求。主管税务机关应在5个工作日内提供相关资料并出具相应的证明材料。
第十五条
受托方应按期回函。除有特殊要求外，应在收到协查函后30日内回函。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，回函期限与上述要求不一致的，以《协查要求》为准。
第十六条
国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，受托方如遇特殊情况不能按时完成协查任务的，应在到期5日前，在协查系统内填写《协查延期申请》，逐级上报至国家税务总局稽查局。经国家税务总 — 7 — 局稽查局审批同意后，在核准的期限内完成协查工作并回复协查函。
第四章 监控管理
第十七条 协查信息由协查系统自动传输。协查系统不能实现自动分捡的，应在收到协查函3个工作日内按照受托方纳税人识别号、纳税人名称、地址等依次进行人工分捡。
第十八条 稽查局应监控本单位受托协查的进展情况，市以上稽查局应监控下级的委托、受托协查工作情况，全面掌握本地区协查工作的动态，及时提醒和督办。
第十九条
受托协查累计按期回复率应达到100%，通过协查系统考核。经国家税务总局稽查局同意延期的，按延长后的期限进行考核。
受托协查累计按期回复率＝累计按期回复发票份数/（累计按期回复发票份数+逾期发票份数）×100％。
第二十条
将委托协查信息完整率、受托协查信息完整率、选票准确率作为监控指标，通过协查系统考核。
委托协查信息完整率＝必填考核项目/当期发起委托协查发票数量×全部考核项目×100％。
受托协查信息完整率＝必填考核项目/当期回复受托协查发票数量×全部考核项目×100％。
必填考核项目在协查系统中自动设臵。
选票准确率=协查结果有问题发票份数/收到协查结果发票份数×100％。
第五章 系统管理
第二十一条
协查系统的使用权在稽查局。各省稽查局负责确定和批准修改本地区下级稽查局人员的使用权设臵，报税务总局稽查局备案。
稽查局需变更协查授权的，应逐级上报《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》。市以下稽查局协查系统的用户授权变更由省稽查局审批，报税务总局稽查局备案。省稽查局审批同意后交同级信息中心处理。
省稽查局协查系统的用户授权变更由税务总局稽查局审批，税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》内容包括：用户授权变更的原因，新旧用户授权名称、代码、联系人和联系电话、用户授权变更的日期。
报税务总局稽查局备案的资料包括市以下稽查局的《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》和省稽查局的批复意见。
第二十二条
稽查局确实需要修改数据的，应填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，逐级上报至税务总局稽查局审批。税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
第二十三条 稽查局发现协查系统不能正常工作，应在发 — 9 — 现当日填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，交同级信息中心处理。信息中心和稽查局共同核查后，无法解决的问题，应逐级上报至省信息中心和稽查局。问题在2日内没有解决的，省信息中心应上报税务总局呼叫中心，省稽查局应将《协查信息管理系统运行重大情况报告单》上报税务总局稽查局。税务总局呼叫中心统一组织对各省上报问题的处理。
第二十四条
稽查局应及时对本单位的通讯录信息进行更新。
第六章 资料管理
第二十五条 立案检查的协查资料同稽查案件一并归档。没有立案检查的协查资料，按照协查编号或纳税人名称进行归档。
第二十六条 委托方归档资料包括《增值税抵扣凭证协查函》、增值税抵扣凭证复印件、《协查要求》、《已证实虚开通知单》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》及税款入库凭证、受托方寄送的《协查案卷》等。
第二十七条 受托方归档资料包括委托方寄送的《协查要求》及《已证实虚开通知单》、《协查案卷》、《协查延期申请》等。
第二十八条 其他应归档的资料包括《协查信息管理系统运行重大情况报告单》、《协查信息管理系统用户授权变更申 — 10 — 请报告》等。
第七章 附则
第二十九条 海关进口增值税专用缴款书和农副产品收购发票的纸质协查工作的管理，参照本办法执行。
第三十条
本办法适用于协查工作中涉及的各级税务机关。
第三十一条 各省稽查局可依据本办法对辖区内协查工作制定相关的考核制度和奖惩办法。
第三十二条
本办法自发布之日起施行。原《增值税专用发票协查管理办法》、《协查信息管理系统暂行管理办法》、《金税工程稽查部门岗位设臵及职责（试行）》、《协查信息管理系统安装节点变更制度》、《金税工程协查信息管理系统机外工作规程》同时废止。
国家税务总局办公厅 2008年5月29日封发
增值税专用发票抵扣联网上认证方式（以下简称为网上认证）是指由纳税人通过扫描或键盘录入方式将增值税专用发票抵扣联上的七要素信息（包括开票日期、发票代码、发票号码、购销双方的税务登记号、金额、税额）和84位密文转化为电子信息，并将电子信息在严密的安全机制下，通过Internet网络传输到国税机关，再经过国税机关的防伪税控认证子系统对84位密文解密还原后，与相应的明文内容进行自动对比，产生认证结果，同时将认证结果回传给纳税人的一种认证方式。
网上认证适用于增值税一般纳税人（以下简称为纳税人）。
纳税人采用网上认证方式需外购专门的软件。
◆申请办法
1、需要使用网上认证系统的纳税人，应如实填写《增值税专用发票抵扣联信息企业采集系统开户登记表》（以下简称“登记表”），报主管国税机关。
2、各主管国税机关受理纳税人的开户登记表后，应在七日内对纳税人的开户登记表和应具备条件等内容进行调查，符合要求的在“登记表”上签署意见后，传递给所属区局、市局直属分局流转税管理部门。
3、流转税管理部门应在接到“登记表”的次日8：00—9：00时，运用网上认证系统税务客户端软件，为纳税人进行网上认证系统的一般纳税人档案信息登记和企业用户开户登记，核定每户纳税人单张发票最大提交次数为2次。并打印《增值税专用发票抵扣联信息企业采集系统开户通知书》（以下简称“通知书”）一式两份，一份传递给服务单位。
4、服务单位根据“通知书”在三日内上门安装、调试网上认证系统企业客户端软硬件。
网上认证纳税人一旦开通即可进行抵扣联网上认证。
◆操作说明
1、网上认证纳税人在每天任意时间段上，均可按用户名和密码（企业第一次登录后须将原国税机关在开户时所提供的初始用户名和密码进行修改）登录到市国税局网上认证系统，将当月收取的防伪税控专用发票抵扣联，通过扫描设备进行扫描识别和提交认证。
2、网上认证系统企业端的认证方式包括实时（在线）认证和批量认证两种。实时（在线）认证即对每份发票的数据扫描识别或手工录入后，立即提交市国税机关网上认证系统进行认证；批量认证即完成对多份发票的数据扫描识别或手工录入后，一次性批量提交市国税机关网上认证系统进行认证。
3、网上认证的抵扣联必须是在票面84位密文和专用发票抵扣联上主要信息清晰的情况下方可认证，严禁将非防伪税控发票提交到系统中。
4、网上认证纳税人在由于发票褶皱、搓揉等原因难以扫描识别，或者扫描设备发生损坏等情况下，也可采用键盘录入抵扣联票面84位密文信息和明文信息，并形成相应电子数据传输给市国税局网上认证系统的方式进行网上认证。
5、网上认证纳税人对于在认证过程中因“发票代码、号码认证不符（指密文与明文相比较，仅发票代码或号码不符）”造成的认证不通过，不得强行修改发票代码、号码使其通过认证系统达到认证通过，对于认证不通过的发票一经确认，网上认证纳税人必须在接收到认证结果信息后24小时内将发票抵扣联原件送交区局、市局直属分局计划征收部门。
6、网上认证纳税人当月收到属于抵扣范围的增值税防伪税控专用发票抵扣联，必须在当月认证后方可申报抵扣。
7、网上认证的增值税专用发票原则上应为该纳税人收受的抵扣联发票，对于纳税人在未认证就丢失的专用发票，纳税人必须及时向主管国税机关报告，由主管国税机关确认，在取得销方所在地主管国税机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”的情况下，凭销货单位出具的丢失发票存根联复印件进行认证，认证通过后，经主管国税机关审核批准后，作为增值税进项税款抵扣的合法凭证。
8、网上认证纳税人应于每月纳税申报前按月打印申报所属月份的《增值税专用发票抵扣联信息企业采集系统认证结果清单》（以下简称“结果清单”），并把抵扣联发票按照“结果清单”顺序装订成册备查。“结果清单”上如需加盖税务部门业务专用章的，由纳税人向其区局、市局直属分局计划征收部门预约，在区局、市局直属分局计划征收部门打印盖章；对采用网上认证方式的纳税人取得的防伪税控专用发票抵扣联，未在“结果清单”上列明或“结果清单”上所列内容与实际不符的，一律不予申报抵扣。
◆ 认证结果处理
1、认证通过：经认证，发票密文和发票明文数据完全一致的属于正常认证结果，符合抵扣条件的，可以申报抵扣。
2、认证不通过：经认证，发票密文和发票明文数据不完全一致或无法认证的属于非正常认证结果，区别以下两种情况进行处理：
（1）、对“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代码、号码认证不符（指密文与明文相比较，仅发票代码或号码不符）的发票，经所属区局、市局直属分局计划征收部门确定后，纳税人可退回销货方要求重新开具。
